Прошло три года с момента последних событий сериала. Война с джовианцами закончилась и Земля и Юпитер заключили мир. Однако, часть радикальных представителей Юпитера создала тайную организацию желающую уничтожения Земли. Сначала они занялись похищением людей способных к бозоновым прыжкам и, в частности, похитили Юрику и Акито, инсценировав их смерть. Теперь они начинают атаки на орбитальные колонии Земли. Для расследования этих атак Рури Хосино становится капитаном Надэсико-B и собирает старую команду Надэсико, так как для данной операции из соображений секретности не годятся военные. В этом фильме добавлен новый персонаж, мальчик Хэли Макиби, который сильно ревнует Рури к её прежней команде.