Знаменитый Спецотдел по-прежнему возглавляет генерал Шаламов, а под его руководством трудятся хорошо знакомые всем сотрудники — бывший спецназовец полковник Сергей Селин, адвокат Алексей Нилов, бывший работник ФСБ подполковник Андрей Ухов, психоаналитик Анастасия Мельникова и компьютерный гений Антон Грошев.

В новых сериях следователи найдут похищенную дочку высокопоставленного сотрудника Ленинградской АЭС, выйдут на преступную группировку, которая под видом сотрудников милиции грабит банки, предотвратят утечку важных экономических сведений на Запад, освободят заложников, разоблачат фальшивомонетчиков.
Однако тяжелая и опасная работа не отменяет личную жизнь героев, ведь сотрудники Спецотдела — живые люди со своими радостями и горестями. В новом сезоне Спецотдел едва не потеряет профессора Грошева, который, расследуя гибель своего друга, найдет пленку с записью разговора. За пленкой и профессором начнется настоящая охота. Селин из-за работы будет все меньше уделять внимания семье, пока не заметит, что за женой ухаживает богатый американец. Немалые усилия ему придется приложить, чтобы вернуть прежние отношения. А вот Ухов никак не может разобраться в своих женщинах — он разрывается между своей постоянной девушкой Аллой и новой знакомой из Сочи.