Пингвины Шкипер, Ковальски, Рядовой и Рико живут в Нью-Йоркском зоопарке. То, что они являются жителями зоопарка, вовсе не значит, что они заперты в клетках. Наоборот, пингвины принимают участие во множестве приключений как в самом в зоопарке, так и за его пределами. Компанию пингвинам составляют король Жульен - безумный лемур, Морис - верный слуга Жульена, и Морт - карликовый лемур, который в основном страдает от неуважения невменяемого короля.

Чтобы узнать о других приключениях военизированных пингвинов, нужно посмотреть Пингвины Мадагаскара: Операция ДВД.